外国人従業員の在留資格が「日本人の配偶者等」である場合の注意点を教えてください。

もしその外国人従業員の方が日本人と離婚した場合、「日本人の配偶者等」という在留資格に該当しなくなります。したがって、離婚した日から14日以内に、その方が最寄りの入館管理局に報告する必要があります。原則その方は母国へ帰国するということとなってしまいますが、その方が引き続き日本に在留したい場合は、入国管理局の審査官と相談していただくこととなります。おそらく、在留資格「定住者」への資格変更の相談になることと思います。
まずはその方が入国管理局へ行き、離婚の事実を報告することが先決だと考えられます。何もせずそのままでいると、その方のみならず、雇っている会社も悪くとられる可能性があります。